Structure

Physi-Chem Properties

Molecular Weight:  136.13
Volume:  167.687
LogP:  3.857
LogD:  3.415
LogS:  -3.985
# Rotatable Bonds:  1
TPSA:  0.0
# H-Bond Aceptor:  0
# H-Bond Donor:  0
# Rings:  1
# Heavy Atoms:  0

MedChem Properties

QED Drug-Likeness Score:  0.519
Synthetic Accessibility Score:  3.505
Fsp3:  0.6
Lipinski Rule-of-5:  Accepted
Pfizer Rule:  Rejected
GSK Rule:  Accepted
BMS Rule:  0
Golden Triangle Rule:  Rejected
Chelating Alert:  0
PAINS Alert:  0

ADMET Properties (ADMETlab2.0)

ADMET: Absorption

Caco-2 Permeability:  -4.383
MDCK Permeability:  2.3885782866273075e-05
Pgp-inhibitor:  0.001
Pgp-substrate:  0.013
Human Intestinal Absorption (HIA):  0.005
20% Bioavailability (F20%):  0.014
30% Bioavailability (F30%):  0.146

ADMET: Distribution

Blood-Brain-Barrier Penetration (BBB):  0.835
Plasma Protein Binding (PPB):  92.01142120361328%
Volume Distribution (VD):  2.963
Pgp-substrate:  7.747944355010986%

ADMET: Metabolism

CYP1A2-inhibitor:  0.258
CYP1A2-substrate:  0.471
CYP2C19-inhibitor:  0.178
CYP2C19-substrate:  0.93
CYP2C9-inhibitor:  0.142
CYP2C9-substrate:  0.337
CYP2D6-inhibitor:  0.059
CYP2D6-substrate:  0.832
CYP3A4-inhibitor:  0.274
CYP3A4-substrate:  0.639

ADMET: Excretion

Clearance (CL):  12.66
Half-life (T1/2):  0.617

ADMET: Toxicity

hERG Blockers:  0.024
Human Hepatotoxicity (H-HT):  0.76
Drug-inuced Liver Injury (DILI):  0.014
AMES Toxicity:  0.011
Rat Oral Acute Toxicity:  0.038
Maximum Recommended Daily Dose:  0.723
Skin Sensitization:  0.94
Carcinogencity:  0.344
Eye Corrosion:  0.183
Eye Irritation:  0.957
Respiratory Toxicity:  0.855

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Source Organisms  
Biological Activities  
Similar NPs/Drugs  

  Natural Product: NPC45727

Natural Product ID:  NPC45727
Common Name*:   2-Methyl-5-Propan-2-Ylcyclohexa-1,3-Diene
IUPAC Name:   2-methyl-5-propan-2-ylcyclohexa-1,3-diene
Synonyms:  
Standard InCHIKey:  OGLDWXZKYODSOB-UHFFFAOYSA-N
Standard InCHI:  InChI=1S/C10H16/c1-8(2)10-6-4-9(3)5-7-10/h4-6,8,10H,7H2,1-3H3
SMILES:  CC1=CCC(C=C1)C(C)C
Synthetic Gene Cluster:   n.a.
ChEMBL Identifier:   CHEMBL3188459
PubChem CID:   7460
Chemical Classification**:  
  • CHEMONTID:0000000 [Organic compounds]
    • [CHEMONTID:0000012] Lipids and lipid-like molecules
      • [CHEMONTID:0000259] Prenol lipids
        • [CHEMONTID:0001549] Monoterpenoids
          • [CHEMONTID:0001401] Menthane monoterpenoids

*Note: the InCHIKey will be temporarily assigned as the "Common Name" if no IUPAC name or alternative short name is available.
**Note: the Chemical Classification was calculated by NPClassifier Version 1.5. Reference: PMID:34662515.

  Species Source

Organism ID Organism Name Taxonomy Level Family SuperKingdom Isolation Part Collection Location Collection Time Reference
NPO1797 Homo sapiens Species Hominidae Eukaryota n.a. n.a. n.a. DOI[10.1007/s11306-014-0642-1]
NPO17494 Prunella vulgaris Species Lamiaceae Eukaryota n.a. leaf n.a. DOI[10.1016/0031-9422(86)88033-5]
NPO17494 Prunella vulgaris Species Lamiaceae Eukaryota n.a. stem n.a. DOI[10.1016/0031-9422(86)88033-5]
NPO163 Daucus carota Species Apiaceae Eukaryota n.a. n.a. DOI[10.1016/0045-6535(91)90110-Y]
NPO1797 Homo sapiens Species Hominidae Eukaryota n.a. n.a. n.a. DOI[10.1016/j.diagmicrobio.2016.03.012]
NPO20440 Chrysanthemum x morifolium Species Asteraceae Eukaryota Flowers n.a. n.a. DOI[10.1016/j.foodchem.2009.03.042]
NPO28276 Artemisia argyi Species Asteraceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. DOI[10.1016/j.jep.2005.01.054]
NPO163 Daucus carota Species Apiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. DOI[10.1016/j.jfca.2004.07.004]
NPO163 Daucus carota Species Apiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. DOI[10.1016/j.jfca.2005.08.001]
NPO163 Daucus carota Species Apiaceae Eukaryota n.a. retail stores, supermarkets and market stalls in Forssa and in the Helsinki area 2003–2005 DOI[10.1016/j.jfca.2006.05.007]
NPO17494 Prunella vulgaris Species Lamiaceae Eukaryota whole plant n.a. n.a. DOI[10.1016/j.tetlet.2016.12.029]
NPO28295 Foeniculum vulgare Species Apiaceae Eukaryota n.a. leaf n.a. DOI[10.1016/S0031-9422(00)94055-X]
NPO27288 Citrus maxima Species Rutaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. DOI[10.1016/S0031-9422(99)00119-3]
NPO28928 Piper nigrum Species Piperaceae Eukaryota n.a. fruit n.a. DOI[10.1016/S0040-4039(01)00209-X]
NPO22796 Cyperus rotundus Species Cyperaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. DOI[10.1016/S0040-4039(01)90945-1]
NPO1797 Homo sapiens Species Hominidae Eukaryota n.a. n.a. n.a. DOI[10.1016/S1570-0232(03)00281-2]
NPO1797 Homo sapiens Species Hominidae Eukaryota n.a. n.a. n.a. DOI[10.1021/ac300829f]
NPO22741 Curcuma kwangsiensis Species Zingiberaceae Eukaryota n.a. rhizome n.a. DOI[10.1021/np100392m]
NPO1797 Homo sapiens Species Hominidae Eukaryota n.a. n.a. n.a. DOI[10.1038/nbt.2488]
NPO1797 Homo sapiens Species Hominidae Eukaryota n.a. n.a. n.a. DOI[10.1046/j.1471-0528.2003.02041.x]
NPO1797 Homo sapiens Species Hominidae Eukaryota n.a. n.a. n.a. DOI[10.1074/jbc.M601876200]
NPO4391 Hypericum perforatum Species Hypericaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. DOI[10.1078/0176-1617-00195]
NPO1797 Homo sapiens Species Hominidae Eukaryota n.a. n.a. n.a. DOI[10.1371/journal.pone.0115359]
NPO20440 Chrysanthemum x morifolium Species Asteraceae Eukaryota Flowers n.a. n.a. DOI[10.3136/fstr.15.499]
NPO28295 Foeniculum vulgare Species Apiaceae Eukaryota n.a. flower n.a. DOI[10.3390/70200245]
NPO24758 Angelica dahurica Species Apiaceae Eukaryota n.a. root n.a. DOI[10.5012/bkcs.2003.24.11.1699]
NPO20440 Chrysanthemum x morifolium Species Asteraceae Eukaryota Flowers n.a. n.a. DOI[10.5897/AJB10.140]
NPO20440 Chrysanthemum x morifolium Species Asteraceae Eukaryota Flowers n.a. n.a. DOI[10.5897/AJB2010.000-3252]
NPO22258 Chrysanthemum indicum Species Asteraceae Eukaryota Flowers n.a. n.a. DOI[10.5897/JMPR.9000078]
NPO1797 Homo sapiens Species Hominidae Eukaryota n.a. urine n.a. PMID[10027644]
NPO1797 Homo sapiens Species Hominidae Eukaryota n.a. blood n.a. PMID[10063930]
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NPO6098 Salvia officinalis Species Lamiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. PMID[10096857]
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NPO1797 Homo sapiens Species Hominidae Eukaryota n.a. blood n.a. PMID[10342082]
NPO163 Daucus carota Species Apiaceae Eukaryota n.a. n.a. 1996-Sep PMID[10352947]
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NPO1797 Homo sapiens Species Hominidae Eukaryota n.a. pericardial effusion n.a. PMID[10499868]
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NPO15462 Angelica sinensis Species Apiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO16845 Euodia bodinieri Species Rutaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO21355 Elsholtzia ciliata Species Lamiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO12468 Asarum heterotropoides Species Aristolochiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO163 Daucus carota Species Apiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO28928 Piper nigrum Species Piperaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO13346 Lindera strichnifolia Species Tineidae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO22258 Chrysanthemum indicum Species Asteraceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO13274 Illicium verum Species Schisandraceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO8314 Euodia ruticarpa Species Rutaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO11100 Artemisia capillaris Species Asteraceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO2921 Angelica acutiloba Species Apiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO28256 Platycladus orientalis Species Cupressaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO4391 Hypericum perforatum Species Hypericaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO20902 Atractylodes macrocephala Species Asteraceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO11820 Amomum villosum Species Zingiberaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO2715 Murraya paniculata Species Rutaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO25094 Artemisia princeps Species Asteraceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO18951 Ligusticum sinense Species Apiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO21460 Anethum graveolens Species Apiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO12935 Thymus quinquecostatus Species Lamiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO3987 Syzygium aromaticum Species Myrtaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO24758 Angelica dahurica Species Apiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO5270 Citrus natsudaidai Species Rutaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO27288 Citrus maxima Species Rutaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO2953 Ostericum grosseserratum Species Apiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO4682 Lindera aggregata Species Lauraceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO10082 Citrus unshiu Species Rutaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO19935 Evodia rutaecarpa Species Rutaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO4877 Euodia officinalis Species Rutaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO18046 Mosla chinensis Species Lamiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO8255 Cinnamomum aromaticum Species Lauraceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO20553 Zingiber officinale Species Zingiberaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO24476 Phellodendron amurense Species Rutaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO22796 Cyperus rotundus Species Cyperaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO5315 Zanthoxylum bungeanum Species Rutaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO2618 Curcuma wenyujin Species Zingiberaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO28807 Laggera pterodonta Species Asteraceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO16087 Atractylodes lancea Species Asteraceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO7317 Citrus aurantium Species Rutaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO15315 Boswellia carterii Species Burseraceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO29078 Asiasarum sieboldii n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO1436 Houttuynia cordata Species Saururaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO28295 Foeniculum vulgare Species Apiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO7929 Curcuma zedoaria Species Zingiberaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO20440 Chrysanthemum x morifolium Species Asteraceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO1631 Amomum xanthioides Species Zingiberaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO12584 Atractylodes chinensis Species Asteraceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO11169 Piper cubeba Species Piperaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO10492 Artemisia montana Species Asteraceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO8874 Glehnia littoralis Species Apiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO22741 Curcuma kwangsiensis Species Zingiberaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO4659 Asiasarum heterotropoides n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO11438 Angelica gigas Species Apiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO8698 Zanthoxylum schinifolium Species Rutaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO1479 Amomum longiligulare Species Zingiberaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO21373 Vitex trifolia Species Lamiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO28276 Artemisia argyi Species Asteraceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO18068 Curcuma phaeocaulis Species Zingiberaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO12182 Murraya exotica Species Rutaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO5241 Myristica fragrans Species Myristicaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO25443 Citrus reticulata Species Rutaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO24124 Curcuma longa Species Zingiberaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO24644 Hansenia forbesii Species Apiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO2392 Hansenia weberbaueriana Species Apiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO28260 Senna alexandrina Species Fabaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO17494 Prunella vulgaris Species Lamiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO7698 Elettaria cardamomum Species Zingiberaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO21387 Forsythia suspensa Species Oleaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO22033 Cnidium officinale Species Apiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO12322 Amomum krervanh Species Zingiberaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO29110 Litsea cubeba Species Lauraceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO6336 Asarum sieboldii Species Aristolochiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO25825 Saussurea lappa Species Asteraceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO15730 Citrus medica Species Rutaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO21771 Citrus trifoliata Species Rutaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO19805 Forsythia viridissima Species Oleaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO11871 Illicium difengpi Species Schisandraceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO19787 Citrus sinensis Species Rutaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO19472 Thymus vulgaris Species Lamiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO29010 Amomum compactum Species Zingiberaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[TM-MC]
NPO11820 Amomum villosum Species Zingiberaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO2618 Curcuma wenyujin Species Zingiberaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO4682 Lindera aggregata Species Lauraceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO29078 Asiasarum sieboldii n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO7929 Curcuma zedoaria Species Zingiberaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO4659 Asiasarum heterotropoides n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO21460 Anethum graveolens Species Apiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO8874 Glehnia littoralis Species Apiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO21343 Eupatorium fortunei Species Asteraceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO21355 Elsholtzia ciliata Species Lamiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO24758 Angelica dahurica Species Apiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO8255 Cinnamomum aromaticum Species Lauraceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO11438 Angelica gigas Species Apiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO2921 Angelica acutiloba Species Apiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO6336 Asarum sieboldii Species Aristolochiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO22741 Curcuma kwangsiensis Species Zingiberaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO28276 Artemisia argyi Species Asteraceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO24476 Phellodendron amurense Species Rutaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO24644 Hansenia forbesii Species Apiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO4391 Hypericum perforatum Species Hypericaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO19472 Thymus vulgaris Species Lamiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO12182 Murraya exotica Species Rutaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO25825 Saussurea lappa Species Asteraceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO28260 Senna alexandrina Species Fabaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO5315 Zanthoxylum bungeanum Species Rutaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO22796 Cyperus rotundus Species Cyperaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO10492 Artemisia montana Species Asteraceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO17752 Mentha X piperita Strain Lamiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO4626 Pimpinella anisum Species Apiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO19935 Evodia rutaecarpa Species Rutaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO21771 Citrus trifoliata Species Rutaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO18046 Mosla chinensis Species Lamiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO3689 Cinnamomum verum Species Lauraceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO29110 Litsea cubeba Species Lauraceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO21387 Forsythia suspensa Species Oleaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO5241 Myristica fragrans Species Myristicaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO15730 Citrus medica Species Rutaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO2715 Murraya paniculata Species Rutaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO22258 Chrysanthemum indicum Species Asteraceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO28928 Piper nigrum Species Piperaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO13730 Magnolia liliiflora Species Magnoliaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO16087 Atractylodes lancea Species Asteraceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO27288 Citrus maxima Species Rutaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO1631 Amomum xanthioides Species Zingiberaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO15462 Angelica sinensis Species Apiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO25443 Citrus reticulata Species Rutaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO18068 Curcuma phaeocaulis Species Zingiberaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO5270 Citrus natsudaidai Species Rutaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO7698 Elettaria cardamomum Species Zingiberaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO11100 Artemisia capillaris Species Asteraceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO12468 Asarum heterotropoides Species Aristolochiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO2953 Ostericum grosseserratum Species Apiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO25094 Artemisia princeps Species Asteraceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO10082 Citrus unshiu Species Rutaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO1797 Homo sapiens Species Hominidae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO20902 Atractylodes macrocephala Species Asteraceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO24124 Curcuma longa Species Zingiberaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO21373 Vitex trifolia Species Lamiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO20440 Chrysanthemum x morifolium Species Asteraceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO28256 Platycladus orientalis Species Cupressaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO3987 Syzygium aromaticum Species Myrtaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO12584 Atractylodes chinensis Species Asteraceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO8698 Zanthoxylum schinifolium Species Rutaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO163 Daucus carota Species Apiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO9290 Zanthoxylum piperitum Species Rutaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO7317 Citrus aurantium Species Rutaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO6098 Salvia officinalis Species Lamiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO13274 Illicium verum Species Schisandraceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO15315 Boswellia carterii Species Burseraceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO28295 Foeniculum vulgare Species Apiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO28807 Laggera pterodonta Species Asteraceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO19787 Citrus sinensis Species Rutaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO12935 Thymus quinquecostatus Species Lamiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO12322 Amomum krervanh Species Zingiberaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO18951 Ligusticum sinense Species Apiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]
NPO17494 Prunella vulgaris Species Lamiaceae Eukaryota n.a. n.a. n.a. Database[UNPD]

☑ Note for Reference:
In addition to directly collecting NP source organism data from primary literature (where reference will provided as NCBI PMID or DOI links), NPASS also integrated them from below databases:
☉ UNPD: Universal Natural Products Database [PMID: 23638153].
☉ StreptomeDB: a database of streptomycetes natural products [PMID: 33051671].
☉ TM-MC: a database of medicinal materials and chemical compounds in Northeast Asian traditional medicine [PMID: 26156871].
☉ TCM@Taiwan: a Traditional Chinese Medicine database [PMID: 21253603].
☉ TCMID: a Traditional Chinese Medicine database [PMID: 29106634].
☉ TCMSP: The traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform [PMID: 24735618].
☉ HerDing: a herb recommendation system to treat diseases using genes and chemicals [PMID: 26980517].
☉ MetaboLights: a metabolomics database [PMID: 27010336].
☉ FooDB: a database of constituents, chemistry and biology of food species [www.foodb.ca].

  NP Quantity Composition/Concentration

Organism ID NP ID Organism Material Preparation Organism Part NP Quantity (Standard) NP Quantity (Minimum) NP Quantity (Maximum) Quantity Unit Reference
NPO3689 NPC45727 Other Bark 15.75 6.3 25.2 mg/100g Database [DUKE]
NPO6098 NPC45727 Other Leaf 33 10 56 mg/100g Database [DUKE]
NPO17752 NPC45727 Other Leaf 1.1 0.2 2 mg/100g Database [DUKE]
NPO4626 NPC45727 Other Seed 40.8 40.8 40.8 mg/100g Database [DUKE]

☑ Note for Reference:
In addition to directly collecting NP quantitative data from primary literature (where reference will provided as NCBI PMID or DOI links), NPASS also integrated NP quantitative records for specific NP domains (e.g., NPS from foods or herbs) from domain-specific databases. These databases include:
☉ DUKE: Dr. Duke's Phytochemical and Ethnobotanical Databases.
☉ PHENOL EXPLORER: is the first comprehensive database on polyphenol content in foods [PMID: 24103452], its homepage can be accessed at here.
☉ FooDB: a database of constituents, chemistry and biology of food species [www.foodb.ca].

  Biological Activity

Target ID Target Type Target Name Target Organism Activity Type Activity Relation Value Unit Reference
NPT152 Individual Protein Nuclear factor erythroid 2-related factor 2 Homo sapiens Potency n.a. 54482.7 nM PubChem BioAssay data set
NPT2 Others Unspecified Potency n.a. 13802.2 nM PubChem BioAssay data set
NPT2 Others Unspecified Potency n.a. 38570.8 nM PubChem BioAssay data set
NPT2 Others Unspecified Potency n.a. 68589.6 nM PubChem BioAssay data set

☑ Note for Activity Records:
☉ The quantitative biological activities were primarily integrated from ChEMBL (Version-30) database and were also directly collected from PubMed literature. PubMed PMID was provided as the reference link for each activity record.

  Chemically structural similarity: I. Similar Active Natural Products in NPASS

Top-200 similar NPs were calculated against the active-NP-set (includes 4,3285 NPs with experimentally-derived bioactivity available in NPASS)

Similarity level is defined by Tanimoto coefficient (Tc) between two molecules. Tc lies between [0, 1] where '1' indicates the highest similarity. What is Tanimoto coefficient

●  The left chart: Distribution of similarity level between NPC45727 and all remaining natural products in the NPASS database.
●  The right table: Most similar natural products (Tc>=0.56 or Top200).

Similarity Score Similarity Level Natural Product ID
1.0 High Similarity NPC48638
0.9459 High Similarity NPC183670
0.9211 High Similarity NPC144023
0.8974 High Similarity NPC177470
0.8889 High Similarity NPC282119
0.8571 High Similarity NPC213749
0.8421 Intermediate Similarity NPC239039
0.8286 Intermediate Similarity NPC206088
0.825 Intermediate Similarity NPC218918
0.825 Intermediate Similarity NPC120926
0.8158 Intermediate Similarity NPC190810
0.8158 Intermediate Similarity NPC76145
0.8158 Intermediate Similarity NPC34764
0.8 Intermediate Similarity NPC60288
0.7949 Intermediate Similarity NPC229262
0.7949 Intermediate Similarity NPC139717
0.7949 Intermediate Similarity NPC297643
0.7714 Intermediate Similarity NPC138113
0.75 Intermediate Similarity NPC266298
0.7436 Intermediate Similarity NPC92224
0.7429 Intermediate Similarity NPC64176
0.7429 Intermediate Similarity NPC288991
0.7429 Intermediate Similarity NPC262789
0.7368 Intermediate Similarity NPC99088
0.7368 Intermediate Similarity NPC305759
0.7368 Intermediate Similarity NPC173592
0.7297 Intermediate Similarity NPC3649
0.7297 Intermediate Similarity NPC66577
0.7273 Intermediate Similarity NPC248411
0.7273 Intermediate Similarity NPC202189
0.7111 Intermediate Similarity NPC114239
0.7111 Intermediate Similarity NPC86683
0.7111 Intermediate Similarity NPC241784
0.7111 Intermediate Similarity NPC13991
0.7111 Intermediate Similarity NPC296337
0.7021 Intermediate Similarity NPC17810
0.6957 Remote Similarity NPC159420
0.6863 Remote Similarity NPC470893
0.6818 Remote Similarity NPC473912
0.6809 Remote Similarity NPC124851
0.6757 Remote Similarity NPC123965
0.6757 Remote Similarity NPC115959
0.6667 Remote Similarity NPC17518
0.6667 Remote Similarity NPC109813
0.6667 Remote Similarity NPC86538
0.6667 Remote Similarity NPC60556
0.6596 Remote Similarity NPC323445
0.6486 Remote Similarity NPC138325
0.6481 Remote Similarity NPC469769
0.6471 Remote Similarity NPC14002
0.6471 Remote Similarity NPC37644
0.6471 Remote Similarity NPC476679
0.6444 Remote Similarity NPC105246
0.6444 Remote Similarity NPC190232
0.641 Remote Similarity NPC100879
0.641 Remote Similarity NPC471327
0.64 Remote Similarity NPC26906
0.64 Remote Similarity NPC214584
0.6383 Remote Similarity NPC49088
0.6346 Remote Similarity NPC5626
0.6327 Remote Similarity NPC22765
0.6316 Remote Similarity NPC34671
0.6304 Remote Similarity NPC192529
0.6275 Remote Similarity NPC177112
0.6275 Remote Similarity NPC208638
0.6275 Remote Similarity NPC294358
0.6275 Remote Similarity NPC473728
0.6275 Remote Similarity NPC179169
0.6275 Remote Similarity NPC71506
0.6275 Remote Similarity NPC181255
0.6275 Remote Similarity NPC35519
0.6275 Remote Similarity NPC40417
0.6275 Remote Similarity NPC157781
0.6275 Remote Similarity NPC306195
0.6222 Remote Similarity NPC188596
0.6222 Remote Similarity NPC469969
0.6216 Remote Similarity NPC10183
0.62 Remote Similarity NPC32351
0.62 Remote Similarity NPC200129
0.6154 Remote Similarity NPC295777
0.6154 Remote Similarity NPC268564
0.6154 Remote Similarity NPC23117
0.6154 Remote Similarity NPC69898
0.614 Remote Similarity NPC469728
0.6122 Remote Similarity NPC178644
0.6122 Remote Similarity NPC91962
0.6111 Remote Similarity NPC249645
0.6111 Remote Similarity NPC55412
0.6087 Remote Similarity NPC51758
0.6087 Remote Similarity NPC194586
0.6087 Remote Similarity NPC67761
0.6087 Remote Similarity NPC68889
0.6087 Remote Similarity NPC209279
0.6087 Remote Similarity NPC88079
0.6087 Remote Similarity NPC180871
0.6087 Remote Similarity NPC108494
0.6078 Remote Similarity NPC244038
0.6078 Remote Similarity NPC30433
0.6071 Remote Similarity NPC475716
0.6042 Remote Similarity NPC24824
0.6042 Remote Similarity NPC165651
0.6042 Remote Similarity NPC210560
0.6042 Remote Similarity NPC166788
0.6 Remote Similarity NPC227632
0.6 Remote Similarity NPC151719
0.6 Remote Similarity NPC281986
0.6 Remote Similarity NPC62086
0.6 Remote Similarity NPC208749
0.6 Remote Similarity NPC321568
0.6 Remote Similarity NPC106990
0.6 Remote Similarity NPC62755
0.6 Remote Similarity NPC22019
0.6 Remote Similarity NPC78551
0.5965 Remote Similarity NPC176621
0.5962 Remote Similarity NPC68014
0.5957 Remote Similarity NPC106819
0.5957 Remote Similarity NPC269862
0.5926 Remote Similarity NPC469770
0.5918 Remote Similarity NPC195246
0.5918 Remote Similarity NPC276009
0.5918 Remote Similarity NPC22098
0.5893 Remote Similarity NPC311852
0.5882 Remote Similarity NPC118788
0.5882 Remote Similarity NPC329773
0.5882 Remote Similarity NPC163984
0.5882 Remote Similarity NPC58970
0.5882 Remote Similarity NPC176819
0.587 Remote Similarity NPC103290
0.5854 Remote Similarity NPC13217
0.5833 Remote Similarity NPC138935
0.5833 Remote Similarity NPC114841
0.5818 Remote Similarity NPC141699
0.5818 Remote Similarity NPC469967
0.5769 Remote Similarity NPC27438
0.5763 Remote Similarity NPC474086
0.5745 Remote Similarity NPC193180
0.5714 Remote Similarity NPC470369
0.5714 Remote Similarity NPC475696
0.5714 Remote Similarity NPC470370
0.5714 Remote Similarity NPC96619
0.5714 Remote Similarity NPC474415
0.5714 Remote Similarity NPC474528
0.5714 Remote Similarity NPC165808
0.5686 Remote Similarity NPC234597
0.5682 Remote Similarity NPC201753
0.5682 Remote Similarity NPC185839
0.5676 Remote Similarity NPC88325
0.5652 Remote Similarity NPC246165
0.5652 Remote Similarity NPC56917
0.5636 Remote Similarity NPC130209
0.5636 Remote Similarity NPC232247
0.5636 Remote Similarity NPC148163
0.5636 Remote Similarity NPC251666
0.5636 Remote Similarity NPC148216
0.5636 Remote Similarity NPC123194
0.5625 Remote Similarity NPC216921
0.5614 Remote Similarity NPC60772
0.561 Remote Similarity NPC196831
0.56 Remote Similarity NPC262558
0.56 Remote Similarity NPC8610

  Chemically structural similarity: II. Similar Clinical/Approved Drugs

Similarity level is defined by Tanimoto coefficient (Tc) between two molecules.

●  The left chart: Distribution of similarity level between NPC45727 and all drugs/candidates.
●  The right table: Most similar clinical/approved drugs (Tc>=0.56 or Top200).

Similarity Score Similarity Level Drug ID Developmental Stage
0.8158 Intermediate Similarity NPD319 Phase 1
0.7021 Intermediate Similarity NPD8262 Approved
0.6444 Remote Similarity NPD1799 Clinical (unspecified phase)
0.6111 Remote Similarity NPD4219 Approved
0.5636 Remote Similarity NPD342 Phase 1

  Bioactivity similarity: Similar Natural Products in NPASS

Bioactivity similarity was calculated based on bioactivity descriptors of compounds. The bioactivity descriptors were calculated by a recently developed AI algorithm Chemical Checker (CC) [Nature Biotechnology, 38:1087–1096, 2020; Nature Communications, 12:3932, 2021], which evaluated bioactivity similarities at five levels:
☉ A: chemistry similarity;
☉ B: biological targets similarity;
☉ C: networks similarity;
☉ D: cell-based bioactivity similarity;
☉ E: similarity based on clinical data.

Those 5 categories of CC bioactivity descriptors were calculated and then subjected to manifold projection using UMAP algorithm, to project all NPs on a 2-Dimensional space. The current NP was highlighted with a small circle in the 2-D map. Below figures: left-to-right, A-to-E.

A: chemistry similarity
B: biological targets similarity
C: networks similarity
D: cell-based bioactivity similarity
E: similarity based on clinical data