NPASS Compound

Structure

NPC489904 OpenBabel06302216222D 38 41 0 0 1 0 0 0 0 0999 V2000 -0.5000 -0.8660 0.0000 C 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1.1088 -1.6594 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.7261 -2.5833 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1.3348 -3.3766 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -2.3263 -3.2461 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.9522 -4.3005 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1.5609 -5.0938 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -2.5524 -4.9633 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -3.1611 -5.7567 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -2.9350 -4.0394 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1.5000 -0.8660 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -2.0000 -0.0000 0.0000 C 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -2.8660 -0.5000 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -3.7321 -0.0000 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -3.7321 1.0000 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -4.5981 1.5000 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -4.5981 2.5000 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -3.7321 3.0000 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -5.4641 3.0000 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -6.3301 2.5000 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -7.1962 3.0000 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -6.3301 1.5000 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -5.4641 1.0000 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -5.4641 -0.0000 0.0000 O 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -4.5981 -0.5000 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -4.5981 -1.5000 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -5.4641 -2.0000 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -5.4641 -3.0000 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -4.5981 -3.5000 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -4.5981 -4.5000 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -3.7321 -3.0000 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -3.7321 -2.0000 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1.5000 0.8660 0.0000 C 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -2.3660 1.3660 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.5000 0.8660 0.0000 C 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.5000 1.8660 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.0000 -0.0000 0.0000 C 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.8660 0.5000 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 37 1 0 0 0 0 1 2 1 1 0 0 0 1 11 1 0 0 0 0 2 3 1 0 0 0 0 3 4 1 0 0 0 0 4 5 2 0 0 0 0 4 6 1 0 0 0 0 6 7 1 0 0 0 0 7 8 1 0 0 0 0 8 9 1 0 0 0 0 8 10 2 0 0 0 0 11 12 1 0 0 0 0 12 13 1 1 0 0 0 12 33 1 0 0 0 0 13 14 1 0 0 0 0 14 25 1 0 0 0 0 14 15 2 0 0 0 0 15 16 1 0 0 0 0 16 23 1 0 0 0 0 16 17 2 0 0 0 0 17 18 1 0 0 0 0 17 19 1 0 0 0 0 19 20 2 0 0 0 0 20 21 1 0 0 0 0 20 22 1 0 0 0 0 22 23 2 0 0 0 0 23 24 1 0 0 0 0 24 25 2 0 0 0 0 25 26 1 0 0 0 0 26 32 1 0 0 0 0 26 27 2 0 0 0 0 27 28 1 0 0 0 0 28 29 2 0 0 0 0 29 30 1 0 0 0 0 29 31 1 0 0 0 0 31 32 2 0 0 0 0 33 34 1 6 0 0 0 33 35 1 0 0 0 0 35 36 1 1 0 0 0 35 37 1 0 0 0 0 37 38 1 6 0 0 0 M CHG 1 24 1 M END $$$$

Physi-Chem Properties

Molecular Weight:	533.13
Volume:	495.957
LogP:	1.144
LogD:	0.694
LogS:	-3.757
# Rotatable Bonds:	9
TPSA:	214.74
# H-Bond Aceptor:	13
# H-Bond Donor:	7
# Rings:	4
# Heavy Atoms:	13

MedChem Properties

QED Drug-Likeness Score:	0.16
Synthetic Accessibility Score:	4.255
Fsp3:	0.32
Lipinski Rule-of-5:	Rejected
Pfizer Rule:	Accepted
GSK Rule:	Rejected
BMS Rule:	1
Golden Triangle Rule:	Rejected
Chelating Alert:	0
PAINS Alert:	0

ADMET Properties (ADMETlab2.0)

ADMET: Absorption

Caco-2 Permeability:	-6.325
MDCK Permeability:	1.1553577678569127e-05
Pgp-inhibitor:	0.0
Pgp-substrate:	0.975
Human Intestinal Absorption (HIA):	0.418
20% Bioavailability (F20%):	0.02
30% Bioavailability (F30%):	0.994

ADMET: Distribution

Blood-Brain-Barrier Penetration (BBB):	0.029
Plasma Protein Binding (PPB):	91.78578186035156%
Volume Distribution (VD):	0.681
Pgp-substrate:	9.371752738952637%

ADMET: Metabolism

CYP1A2-inhibitor:	0.182
CYP1A2-substrate:	0.025
CYP2C19-inhibitor:	0.024
CYP2C19-substrate:	0.044
CYP2C9-inhibitor:	0.005
CYP2C9-substrate:	0.422
CYP2D6-inhibitor:	0.063
CYP2D6-substrate:	0.142
CYP3A4-inhibitor:	0.023
CYP3A4-substrate:	0.007

ADMET: Excretion

Clearance (CL):	6.246
Half-life (T1/2):	0.961

ADMET: Toxicity

hERG Blockers:	0.079
Human Hepatotoxicity (H-HT):	0.204
Drug-inuced Liver Injury (DILI):	0.974
AMES Toxicity:	0.645
Rat Oral Acute Toxicity:	0.04
Maximum Recommended Daily Dose:	0.007
Skin Sensitization:	0.193
Carcinogencity:	0.153
Eye Corrosion:	0.003
Eye Irritation:	0.083
Respiratory Toxicity:	0.018

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Biological Activities
Similar NPs/Drugs

Natural Product: NPC489904

Natural Product ID:	NPC489904
*Common Name:**	Pelargonidin 3-(6''-succinyl-glucoside)
IUPAC Name:	n.a.
Synonyms:
Standard InCHIKey:	UBUSYXLSGMWUJJ-WVXUANQFSA-O
Standard InCHI:	InChI=1S/C25H24O13/c26-12-3-1-11(2-4-12)24-17(9-14-15(28)7-13(27)8-16(14)36-24)37-25-23(34)22(33)21(32)18(38-25)10-35-20(31)6-5-19(29)30/h1-4,7-9,18,21-23,25,32-34H,5-6,10H2,(H3-,26,27,28,29,30)/p+1/t18-,21-,22+,23-,25-/m1/s1
SMILES:	[H][C@]1(COC(=O)CCC(O)=O)O[C@@]([H])(OC2=CC3=C(O)C=C(O)C=C3[O+]=C2C2=CC=C(O)C=C2)[C@]([H])(O)[C@@]([H])(O)[C@]1([H])O
Synthetic Gene Cluster:	n.a.
ChEMBL Identifier:	n.a.
PubChem CID:	n.a.
Chemical Classification:**	CHEMONTID:0000000 [Organic compounds] [CHEMONTID:0000261] Phenylpropanoids and polyketides [CHEMONTID:0000334] Flavonoids [CHEMONTID:0001111] Flavonoid glycosides [CHEMONTID:0001583] Flavonoid O-glycosides [CHEMONTID:0001361] Anthocyanins [CHEMONTID:0002996] Anthocyanidin-3-O-glycosides

*Note: the InCHIKey will be temporarily assigned as the "Common Name" if no IUPAC name or alternative short name is available.
**Note: the Chemical Classification was calculated by NPClassifier Version 1.5. Reference: PMID:34662515.

Species Source

Organism ID	Organism Name	Taxonomy Level	Family	SuperKingdom	Isolation Part	Collection Location	Collection Time	Reference
NPO454	Helianthus annuus	Species	Asteraceae	Eukaryota	n.a.	small food enterprises (Zvijezda d.d., Zagreb, Croatia)	n.a.	DOI[10.1002/EJLT.200900231]
NPO25114	Linum usitatissimum	Species	Linaceae	Eukaryota	Seeds	n.a.		DOI[10.1002/ejlt.201100207]
NPO784	Sinapis alba	Species	Brassicaceae	Eukaryota	n.a.	seed	n.a.	DOI[10.1007/s11418-005-0009-z]
NPO25426	Arachis hypogaea	Species	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	2007; 2008	DOI[10.1007/s11746-010-1589-7]
NPO25114	Linum usitatissimum	Species	Linaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	DOI[10.1007/s11746-997-0093-1]
NPO454	Helianthus annuus	Species	Asteraceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	DOI[10.1007/s11746-997-0093-1]
NPO7635	Glycine max	Species	Fabaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	DOI[10.1007/s11746-997-0093-1]
NPO7635	Glycine max	Species	Fabaceae	Eukaryota	n.a.	Wrocław, Poland	2004–2005	DOI[10.1016/J.FOODCHEM.2006.08.014]
NPO4934	Phaseolus vulgaris	Species	Fabaceae	Eukaryota	n.a.	retail stores, supermarkets and market stalls in Forssa and in the Helsinki area	2003–2005	DOI[10.1016/j.jfca.2006.05.007]
NPO7635	Glycine max	Species	Fabaceae	Eukaryota	n.a.	retail stores, supermarkets and market stalls in Forssa and in the Helsinki area	2003–2005	DOI[10.1016/j.jfca.2006.05.007]
NPO4359	Solanum tuberosum	Species	Solanaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	DOI[10.1016/S0031-9422(00)89267-5]
NPO10339	Fragaria x ananassa	Species	Rosaceae	Eukaryota	Fruit	n.a.	n.a.	DOI[10.1016/S0963-9969(99)00095-2]
NPO7635	Glycine max	Species	Fabaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	DOI[10.1021/jf950732o]
NPO4934	Phaseolus vulgaris	Species	Fabaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	DOI[10.1021/jf980687v]
NPO25114	Linum usitatissimum	Species	Linaceae	Eukaryota	Seeds	n.a.		DOI[10.5219/332]
NPO10339	Fragaria x ananassa	Species	Rosaceae	Eukaryota	Leaves (mother plant)	Suwon, Korea	2011-Sep	DOI[10.7235/HORT.2013.12200]
NPO10339	Fragaria x ananassa	Species	Rosaceae	Eukaryota	Roots (runner plant)	Suwon, Korea	2011-Sep	DOI[10.7235/HORT.2013.12200]
NPO10339	Fragaria x ananassa	Species	Rosaceae	Eukaryota	Fruits	Suwon, Korea	2012-Nov	DOI[10.7235/HORT.2013.12200]
NPO10339	Fragaria x ananassa	Species	Rosaceae	Eukaryota	Leaves	Suwon, Korea		DOI[10.7235/HORT.2013.12200]
NPO10339	Fragaria x ananassa	Species	Rosaceae	Eukaryota	Runners	Suwon, Korea	2011-Sep	DOI[10.7235/HORT.2013.12200]
NPO10339	Fragaria x ananassa	Species	Rosaceae	Eukaryota	Leaves (runner plant)	Suwon, Korea	2011-Sep	DOI[10.7235/HORT.2013.12200]
NPO10339	Fragaria x ananassa	Species	Rosaceae	Eukaryota	Roots (mother plant)	Suwon, Korea	2011-Sep	DOI[10.7235/HORT.2013.12200]
NPO7635	Glycine max	Species	Fabaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[10775096]
NPO25426	Arachis hypogaea	Species	n.a.	n.a.	n.a.	cotyledon	n.a.	PMID[11283027]
NPO25426	Arachis hypogaea	Species	n.a.	n.a.	n.a.	seed	n.a.	PMID[12670184]
NPO4359	Solanum tuberosum	Species	Solanaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[12882150]
NPO3987	Syzygium aromaticum	Species	Myrtaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[1402962]
NPO10339	Fragaria x ananassa	Species	Rosaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[1453178]
NPO10339	Fragaria x ananassa	Species	Rosaceae	Eukaryota	Fruits	n.a.	n.a.	PMID[15568772]
NPO4359	Solanum tuberosum	Species	Solanaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[15666542]
NPO7635	Glycine max	Species	Fabaceae	Eukaryota	n.a.	root	n.a.	PMID[1622242]
NPO7635	Glycine max	Species	Fabaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[16659156]
NPO454	Helianthus annuus	Species	Asteraceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[16660462]
NPO7635	Glycine max	Species	Fabaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[16668466]
NPO454	Helianthus annuus	Species	Asteraceae	Eukaryota	flower petals	n.a.	n.a.	PMID[17480100]
NPO7635	Glycine max	Species	Fabaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[18460139]
NPO7635	Glycine max	Species	Fabaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[20963508]
NPO25426	Arachis hypogaea	Species	n.a.	n.a.	n.a.	seed	n.a.	PMID[21348467]
NPO454	Helianthus annuus	Species	Asteraceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[22537213]
NPO7635	Glycine max	Species	Fabaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[22537213]
NPO25114	Linum usitatissimum	Species	Linaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[22537213]
NPO25426	Arachis hypogaea	Species	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[22537213]
NPO12323	Bos taurus	Species	Bovidae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[24211545]
NPO25114	Linum usitatissimum	Species	Linaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[24417583]
NPO7635	Glycine max	Species	Fabaceae	Eukaryota	Seeds	Tekirdag, Turkey		PMID[24499198]
NPO7635	Glycine max	Species	Fabaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[25053043]
NPO7635	Glycine max	Species	Fabaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[25070365]
NPO7635	Glycine max	Species	Fabaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[25369450]
NPO7635	Glycine max	Species	Fabaceae	Eukaryota	n.a.	seed	n.a.	PMID[25369450]
NPO25114	Linum usitatissimum	Species	Linaceae	Eukaryota	Seeds	n.a.	n.a.	PMID[26923696]
NPO3987	Syzygium aromaticum	Species	Myrtaceae	Eukaryota	Flower Buds	n.a.	n.a.	PMID[26977531]
NPO25426	Arachis hypogaea	Species	n.a.	n.a.	Peanut Skins	n.a.	n.a.	PMID[28231711]
NPO4359	Solanum tuberosum	Species	Solanaceae	Eukaryota	n.a.	trunk bark	n.a.	PMID[556731]
NPO12323	Bos taurus	Species	Bovidae	Eukaryota	Urine	n.a.	n.a.	PMID[6330305]
NPO454	Helianthus annuus	Species	Asteraceae	Eukaryota	Flowers	n.a.	n.a.	PMID[6361218]
NPO3987	Syzygium aromaticum	Species	Myrtaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[8904847]
NPO12323	Bos taurus	Species	Bovidae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[932730]
NPO7635	Glycine max	Species	Fabaceae	Eukaryota	Leaf	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO20898	Agaricus bisporus	Species	Agaricaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.		Database[FooDB]
NPO3987	Syzygium aromaticum	Species	Myrtaceae	Eukaryota	Bark	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO784	Sinapis alba	Species	Brassicaceae	Eukaryota	Seed	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO7635	Glycine max	Species	Fabaceae	Eukaryota	Seed	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO4359	Solanum tuberosum	Species	Solanaceae	Eukaryota	Leaf	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO25114	Linum usitatissimum	Species	Linaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.		Database[FooDB]
NPO7635	Glycine max	Species	Fabaceae	Eukaryota	Cotyledon	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO4934	Phaseolus vulgaris	Species	Fabaceae	Eukaryota	Seed	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO4934	Phaseolus vulgaris	Species	Fabaceae	Eukaryota	Leaf	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO25426	Arachis hypogaea	Species	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.		Database[FooDB]
NPO3987	Syzygium aromaticum	Species	Myrtaceae	Eukaryota	Essential Oil	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO25114	Linum usitatissimum	Species	Linaceae	Eukaryota	Seed Oil	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO25426	Arachis hypogaea	Species	n.a.	n.a.	Oil	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO3987	Syzygium aromaticum	Species	Myrtaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.		Database[FooDB]
NPO454	Helianthus annuus	Species	Asteraceae	Eukaryota	Flower	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO454	Helianthus annuus	Species	Asteraceae	Eukaryota	Flower Essent. Oil	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO454	Helianthus annuus	Species	Asteraceae	Eukaryota	Shoot	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO4934	Phaseolus vulgaris	Species	Fabaceae	Eukaryota		n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO454	Helianthus annuus	Species	Asteraceae	Eukaryota	Oil	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO41127	Melanogrammus aeglefinus	Species	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.		Database[FooDB]
NPO7635	Glycine max	Species	Fabaceae	Eukaryota	Sprout Seedling	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO10339	Fragaria x ananassa	Species	Rosaceae	Eukaryota		n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO7635	Glycine max	Species	Fabaceae	Eukaryota	Oil	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO4359	Solanum tuberosum	Species	Solanaceae	Eukaryota	Tubers	n.a.		Database[FooDB]
NPO4934	Phaseolus vulgaris	Species	Fabaceae	Eukaryota	Sprout Seedling	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO25426	Arachis hypogaea	Species	n.a.	n.a.		n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO454	Helianthus annuus	Species	Asteraceae	Eukaryota	Pericarp	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO454	Helianthus annuus	Species	Asteraceae	Eukaryota	n.a.	n.a.		Database[FooDB]
NPO3987	Syzygium aromaticum	Species	Myrtaceae	Eukaryota	Stem	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO7635	Glycine max	Species	Fabaceae	Eukaryota		n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO7635	Glycine max	Species	Fabaceae	Eukaryota	Pericarp	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO4934	Phaseolus vulgaris	Species	Fabaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.		Database[FooDB]
NPO3987	Syzygium aromaticum	Species	Myrtaceae	Eukaryota	Fruit	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO7635	Glycine max	Species	Fabaceae	Eukaryota	Stem	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO454	Helianthus annuus	Species	Asteraceae	Eukaryota		n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO7635	Glycine max	Species	Fabaceae	Eukaryota	Plant	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO549	Musa X paradisiaca	Strain	Musaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.		Database[FooDB]
NPO7635	Glycine max	Species	Fabaceae	Eukaryota	Fruit	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO7635	Glycine max	Species	Fabaceae	Eukaryota	Testa	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO4359	Solanum tuberosum	Species	Solanaceae	Eukaryota		n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO4359	Solanum tuberosum	Species	Solanaceae	Eukaryota	Plant	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO7635	Glycine max	Species	Fabaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.		Database[FooDB]
NPO4359	Solanum tuberosum	Species	Solanaceae	Eukaryota	Fruit	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO4359	Solanum tuberosum	Species	Solanaceae	Eukaryota	Tuber	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO27293	Sus scrofa	Species	Suidae	Eukaryota		n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO454	Helianthus annuus	Species	Asteraceae	Eukaryota	Pollen Or Spore	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO784	Sinapis alba	Species	Brassicaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.		Database[FooDB]
NPO4934	Phaseolus vulgaris	Species	Fabaceae	Eukaryota	Fruit	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO3987	Syzygium aromaticum	Species	Myrtaceae	Eukaryota		n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO25114	Linum usitatissimum	Species	Linaceae	Eukaryota		n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO454	Helianthus annuus	Species	Asteraceae	Eukaryota	Root	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO7635	Glycine max	Species	Fabaceae	Eukaryota	Hypocotyl	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO1468	Crassostrea virginica	Species	Ostreidae	Eukaryota		n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO41127	Melanogrammus aeglefinus	Species	n.a.	n.a.		n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO7635	Glycine max	Species	Fabaceae	Eukaryota	Root	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO25426	Arachis hypogaea	Species	n.a.	n.a.	Leaf	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO784	Sinapis alba	Species	Brassicaceae	Eukaryota		n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO12323	Bos taurus	Species	Bovidae	Eukaryota		n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO25426	Arachis hypogaea	Species	n.a.	n.a.	Seed	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO454	Helianthus annuus	Species	Asteraceae	Eukaryota	Leaf	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO10339	Fragaria x ananassa	Species	Rosaceae	Eukaryota	Fruits	n.a.		Database[FooDB]
NPO41132	Xiphias gladius	Species	n.a.	n.a.		n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO549	Musa X paradisiaca	Strain	Musaceae	Eukaryota		n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO454	Helianthus annuus	Species	Asteraceae	Eukaryota	Seed	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO3987	Syzygium aromaticum	Species	Myrtaceae	Eukaryota	Leaf	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO12323	Bos taurus	Species	Bovidae	Eukaryota	n.a.	n.a.		Database[FooDB]
NPO41122	Oncorhynchus gorbuscha	Species	Salmonidae	Eukaryota		n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO20898	Agaricus bisporus	Species	Agaricaceae	Eukaryota		n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO25114	Linum usitatissimum	Species	Linaceae	Eukaryota	Seed	n.a.	n.a.	Database[FooDB]
NPO4359	Solanum tuberosum	Species	Solanaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[HerDing]
NPO454	Helianthus annuus	Species	Asteraceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[HerDing]
NPO7635	Glycine max	Species	Fabaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[HerDing]
NPO25426	Arachis hypogaea	Species	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	Database[HerDing]
NPO4934	Phaseolus vulgaris	Species	Fabaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[HerDing]
NPO25114	Linum usitatissimum	Species	Linaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[HerDing]
NPO784	Sinapis alba	Species	Brassicaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[HerDing]
NPO12323	Bos taurus	Species	Bovidae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[HerDing]
NPO3987	Syzygium aromaticum	Species	Myrtaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[HerDing]
NPO20898	Agaricus bisporus	Species	Agaricaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[HerDing]
NPO7635	Glycine max	Species	Fabaceae	Eukaryota	n.a.	seed	n.a.	Database[MetaboLights]
NPO7635	Glycine max	Species	Fabaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[MetaboLights]
NPO25426	Arachis hypogaea	Species	n.a.	n.a.	Seeds	n.a.		Database[Phenol-Explorer]
NPO4359	Solanum tuberosum	Species	Solanaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.		Database[Phenol-Explorer]
NPO7635	Glycine max	Species	Fabaceae	Eukaryota	Seeds	n.a.		Database[Phenol-Explorer]
NPO10339	Fragaria x ananassa	Species	Rosaceae	Eukaryota	Fruits	n.a.		Database[Phenol-Explorer]
NPO25426	Arachis hypogaea	Species	n.a.	n.a.	Oils	n.a.		Database[Phenol-Explorer]
NPO4359	Solanum tuberosum	Species	Solanaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[TCMID]
NPO454	Helianthus annuus	Species	Asteraceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[TCMID]
NPO10339	Fragaria x ananassa	Species	Rosaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[TCMID]
NPO7635	Glycine max	Species	Fabaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[TCMID]
NPO25426	Arachis hypogaea	Species	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	Database[TCMID]
NPO549	Musa X paradisiaca	Strain	Musaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[TCMID]
NPO4934	Phaseolus vulgaris	Species	Fabaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[TCMID]
NPO3987	Syzygium aromaticum	Species	Myrtaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[TCMID]
NPO25114	Linum usitatissimum	Species	Linaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[TCMID]
NPO784	Sinapis alba	Species	Brassicaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[TCMID]
NPO27293	Sus scrofa	Species	Suidae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[TCMID]
NPO12323	Bos taurus	Species	Bovidae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[TCMID]
NPO20898	Agaricus bisporus	Species	Agaricaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[TCMID]
NPO4934	Phaseolus vulgaris	Species	Fabaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[TCM_Taiwan]
NPO25426	Arachis hypogaea	Species	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	Database[TCM_Taiwan]
NPO454	Helianthus annuus	Species	Asteraceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[TCM_Taiwan]
NPO20898	Agaricus bisporus	Species	Agaricaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[TCM_Taiwan]
NPO784	Sinapis alba	Species	Brassicaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[TCM_Taiwan]
NPO7635	Glycine max	Species	Fabaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[TCM_Taiwan]
NPO4359	Solanum tuberosum	Species	Solanaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[TCM_Taiwan]
NPO12323	Bos taurus	Species	Bovidae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[TCM_Taiwan]
NPO3987	Syzygium aromaticum	Species	Myrtaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[TCM_Taiwan]
NPO25114	Linum usitatissimum	Species	Linaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[TM-MC]
NPO7635	Glycine max	Species	Fabaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[TM-MC]
NPO784	Sinapis alba	Species	Brassicaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[TM-MC]
NPO3987	Syzygium aromaticum	Species	Myrtaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[TM-MC]
NPO1468	Crassostrea virginica	Species	Ostreidae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO3987	Syzygium aromaticum	Species	Myrtaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO10339	Fragaria x ananassa	Species	Rosaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO12323	Bos taurus	Species	Bovidae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO27293	Sus scrofa	Species	Suidae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO25114	Linum usitatissimum	Species	Linaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO4359	Solanum tuberosum	Species	Solanaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO20898	Agaricus bisporus	Species	Agaricaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO7635	Glycine max	Species	Fabaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO549	Musa X paradisiaca	Strain	Musaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO25426	Arachis hypogaea	Species	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO4934	Phaseolus vulgaris	Species	Fabaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO784	Sinapis alba	Species	Brassicaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO454	Helianthus annuus	Species	Asteraceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]

☑ Note for Reference:
In addition to directly collecting NP source organism data from primary literature (where reference will provided as NCBI PMID or DOI links), NPASS also integrated them from below databases:
☉ UNPD: Universal Natural Products Database [PMID: 23638153].
☉ StreptomeDB: a database of streptomycetes natural products [PMID: 33051671].
☉ TM-MC: a database of medicinal materials and chemical compounds in Northeast Asian traditional medicine [PMID: 26156871].
☉ TCM@Taiwan: a Traditional Chinese Medicine database [PMID: 21253603].
☉ TCMID: a Traditional Chinese Medicine database [PMID: 29106634].
☉ TCMSP: The traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform [PMID: 24735618].
☉ HerDing: a herb recommendation system to treat diseases using genes and chemicals [PMID: 26980517].
☉ MetaboLights: a metabolomics database [PMID: 27010336].
☉ FooDB: a database of constituents, chemistry and biology of food species [www.foodb.ca].

NP Quantity Composition/Concentration

Organism ID	NP ID	Organism Material Preparation	Organism Part	NP Quantity (Standard)	NP Quantity (Minimum)	NP Quantity (Maximum)	Quantity Unit	Reference
NPO7635	NPC489904	Cooked	n.a.	4	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO3987	NPC489904	Dried Or Powder	n.a.	210	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	No	n.a.	325	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO25114	NPC489904	Oil	n.a.	30	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO454	NPC489904	Other	n.a.	17	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO4359	NPC489904	Other	n.a.	29	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO41127	NPC489904	Raw	n.a.	3	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO41132	NPC489904	Raw	n.a.	20	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	312	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	315	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	307	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	611	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	676	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	514	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	271	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	273	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	268	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	202	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	210	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	191	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	176	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	214	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	688	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	687	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	331	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	347	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	306	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	501	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	284	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	262	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	317	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	503	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	497	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	256	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	115	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	91	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	175	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	172	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	159	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	150	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	311	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	264	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	164	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	162	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	144	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	108	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	107	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	156	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	295	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	163	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	132	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	489	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	761	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	598	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	384	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	389	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	386	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	433	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	414	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	183	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	189	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	185	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	831	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	846	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	807	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	730	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO12323	NPC489904	Raw	n.a.	770	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
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NPO27293	NPC489904	Cooked	n.a.	58	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO27293	NPC489904	Cooked	n.a.	61	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO27293	NPC489904	Cooked	n.a.	17	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO27293	NPC489904	Cooked	n.a.	36	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO27293	NPC489904	Cooked	n.a.	137	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO27293	NPC489904	Cooked	n.a.	99	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO27293	NPC489904	Cooked	n.a.	71	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO27293	NPC489904	Cooked	n.a.	6	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO27293	NPC489904	Cooked	n.a.	10	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO27293	NPC489904	Cooked	n.a.	139	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO27293	NPC489904	Cooked	n.a.	19	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO27293	NPC489904	Cooked	n.a.	57	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO27293	NPC489904	Cooked	n.a.	29	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO27293	NPC489904	Cooked	n.a.	96	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO27293	NPC489904	Cooked	n.a.	18	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO27293	NPC489904	Cooked	n.a.	12	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO27293	NPC489904	Cooked	n.a.	50	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO27293	NPC489904	Cooked	n.a.	28	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO27293	NPC489904	Cooked	n.a.	42	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]
NPO27293	NPC489904	Cooked	n.a.	49	n.a.	n.a.	mg/100g	Database [USDA]

☑ Note for Reference:
In addition to directly collecting NP quantitative data from primary literature (where reference will provided as NCBI PMID or DOI links), NPASS also integrated NP quantitative records for specific NP domains (e.g., NPS from foods or herbs) from domain-specific databases. These databases include:
☉ DUKE: Dr. Duke's Phytochemical and Ethnobotanical Databases.
☉ PHENOL EXPLORER: is the first comprehensive database on polyphenol content in foods [PMID: 24103452], its homepage can be accessed at here.
☉ FooDB: a database of constituents, chemistry and biology of food species [www.foodb.ca].

Biological Activity

Target ID	Target Type	Target Name	Target Organism	Activity Type	Activity Relation	Value	Unit	Reference

☑ Note for Activity Records:
☉ The quantitative biological activities were primarily integrated from ChEMBL (Version-30) database and were also directly collected from PubMed literature. PubMed PMID was provided as the reference link for each activity record.

Chemically structural similarity: I. Similar Active Natural Products in NPASS

Top-200 similar NPs were calculated against the active-NP-set (includes 4,3285 NPs with experimentally-derived bioactivity available in NPASS)

Similarity level is defined by Tanimoto coefficient (Tc) between two molecules. Tc lies between [0, 1] where '1' indicates the highest similarity. What is Tanimoto coefficient

● The left chart: Distribution of similarity level between NPC489904 and all remaining natural products in the NPASS database.
● The right table: Most similar natural products (Tc>=0.56 or Top200).

Similarity Score	Similarity Level	Natural Product ID

Chemically structural similarity: II. Similar Clinical/Approved Drugs

Similarity level is defined by Tanimoto coefficient (Tc) between two molecules.

● The left chart: Distribution of similarity level between NPC489904 and all drugs/candidates.
● The right table: Most similar clinical/approved drugs (Tc>=0.56 or Top200).

Similarity Score	Similarity Level	Drug ID	Developmental Stage

Bioactivity similarity: Similar Natural Products in NPASS

Bioactivity similarity was calculated based on bioactivity descriptors of compounds. The bioactivity descriptors were calculated by a recently developed AI algorithm Chemical Checker (CC) [Nature Biotechnology, 38:1087–1096, 2020; Nature Communications, 12:3932, 2021], which evaluated bioactivity similarities at five levels:
☉ A: chemistry similarity;
☉ B: biological targets similarity;
☉ C: networks similarity;
☉ D: cell-based bioactivity similarity;
☉ E: similarity based on clinical data.

Those 5 categories of CC bioactivity descriptors were calculated and then subjected to manifold projection using UMAP algorithm, to project all NPs on a 2-Dimensional space. The current NP was highlighted with a small circle in the 2-D map. Below figures: left-to-right, A-to-E.

A: chemistry similarity

B: biological targets similarity

C: networks similarity

D: cell-based bioactivity similarity

E: similarity based on clinical data