NPASS Compound

Natural Product: NPC126240

Natural Product ID	NPC126240
Common Name ? The InCHIKey will be temporarily assigned as the "Common Name" if no IUPAC name or alternative short name is available.	KGEKLUUHTZCSIP-WFCWDVHWSA-N
IUPAC Name	n.a.
Synonyms
Synthetic Gene Cluster	n.a.
ChEMBL Identifier	n.a.
PubChem CID	44630108
Chemical Classification	CHEMONTID:0000000 [Organic compounds] [CHEMONTID:0000012] Lipids and lipid-like molecules [CHEMONTID:0000259] Prenol lipids [CHEMONTID:0001549] Monoterpenoids [CHEMONTID:0001564] Bicyclic monoterpenoids

The Chemical Classification was calculated by Classyfire, a software for chemical taxonomy calculation. Reference: DOI:10.1186/s13321-016-0174-y.

Chemical Representations

RDKit 3D 34 35 0 0 0 0 0 0 0 0999 V2000 4.4227 -0.5988 -0.7959 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.0522 -0.8987 -0.3604 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.6022 -2.0576 -0.2051 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.0866 0.0115 -0.0665 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.8264 -0.1530 0.3327 C 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.5205 0.2768 1.7711 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.9833 0.4579 1.7618 C 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1.2330 1.8716 1.2893 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.6755 1.8060 -0.1245 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.3488 0.3489 -0.3917 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.5422 -0.0859 -1.7820 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1.4420 -0.2869 0.4948 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -2.8081 0.1101 0.1000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1.3350 -1.7514 0.6120 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4.4992 0.3615 -1.3412 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4.8260 -1.3907 -1.4788 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5.1473 -0.5646 0.0582 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.6877 -1.2800 0.3896 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.0504 1.2452 1.9304 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.8481 -0.4813 2.5010 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1.4945 0.1605 2.6480 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.6711 2.5445 1.9432 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -2.2960 2.1498 1.3120 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.2191 2.4528 -0.1259 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1.3631 2.2084 -0.8765 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1.4607 -0.6800 -1.9489 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.2889 -0.6591 -2.2279 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.6564 0.8268 -2.4291 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -3.3661 0.4193 1.0306 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -3.3611 -0.7737 -0.2792 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -2.9110 0.9062 -0.6191 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.7984 -2.0367 1.5619 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -2.3736 -2.1713 0.7798 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.9576 -2.2882 -0.2673 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 1 0 2 3 2 0 2 4 1 0 4 5 1 0 5 6 1 0 6 7 1 0 7 8 1 0 8 9 1 0 9 10 1 0 10 11 1 0 10 12 1 0 12 13 1 0 12 14 1 0 10 5 1 0 12 7 1 0 1 15 1 0 1 16 1 0 1 17 1 0 5 18 1 1 6 19 1 0 6 20 1 0 7 21 1 1 8 22 1 0 8 23 1 0 9 24 1 0 9 25 1 0 11 26 1 0 11 27 1 0 11 28 1 0 13 29 1 0 13 30 1 0 13 31 1 0 14 32 1 0 14 33 1 0 14 34 1 0 M END

Standard InCHIKey	KGEKLUUHTZCSIP-WFCWDVHWSA-N
Standard InCHI	InChI=1S/C12H20O2/c1-8(13)14-10-7-9-5-6-12(10,4)11(9,2)3/h9-10H,5-7H2,1-4H3/t9-,10+,12?/m1/s1
SMILES	CC(=O)O[C@H]1C[C@H]2CCC1(C)C2(C)C

Calculated Properties

Physi-Chem Properties

Molecular Weight:	196.15	Volume:	213.939 ? Van der Waals volume.
Dense:	0.917	LogP:	2.705 ? The logarithm of the n-octanol/water distribution coefficients.
logD7.4:	2.912 ? The logarithm of the n-octanol/water distribution coefficient at pH=7.4.	LogS:	-2.847 ? The logarithm of aqueous solubility value.
Rotatable Bonds:	2.0	Rigid Bonds:	9.0
TPSA:	26.3 ? Topological Polar Surface Area.	H-Bond Acceptor:	2.0
H-Bond Donor:	0.0	Rings:	2.0
Heavy Atoms:	2.0

MedChem Properties

QED Drug-Likeness Score:	0.603	GASA:	0.0 ? GASA represents the probability of being difficult to synthesize, ranging from 0 to 1.
Synthetic Accessibility Score:	4.086	Fsp³:	0.917
MCE-18:	39.13 ? MCE-18 stands for medicinal chemistry evolution.MCE-18≥45 is considered a suitable value.	Lipinski Rule-of-5:	Rejected
Pfizer Rule:	Rejected	GSK Rule:	Rejected
Golden Triangle Rule:	Accepted	BMS Rule:	0
Chelating Alert:	0	PAINS Alert:	0
Colloidal aggregators:	0.252	Fluc inhibitor:	0.111 ? The fluc inhibitor value is the probability of being fLuc inhibitors, within the range of 0 to 1.
Blue fluorescence:	0.004 ? The blue fluorescence value is the probability of being blue fluorescence, within the range of 0 to 1	Green fluorescence:	0.0 ? The green fluorescence value is the probability of being green fluorescence, within the range of 0 to 1
Reactive compounds:	0.932	Promiscuous compounds:	0.773

ADMET Properties (ADMETlab3.0)

ADMET: Absorption

Caco-2 Permeability:	-4.569	MDCK Permeability:	-4.613
Pgp-inhibitor:	0.843	Pgp-substrate:	0.447
PAMPA:	0.107 ? The experimental data for Peff was logarithmically transformed (logPeff). Molecules with log Peff values below 2.0 were classified as low-permeability (Category 0), while those with log Peff values exceeding 2.5 were classified as high-permeability (Category 1).	Human Intestinal Absorption (HIA):	0.038
20% Bioavailability (F20%):	0.153	30% Bioavailability (F30%):	0.257
50% Bioavailability (F50%):	0.55

ADMET: Distribution

Blood-Brain-Barrier Penetration (BBB):	0.126	MRP1:	0.749
Plasma Protein Binding (PPB):	43.731%	Volume Distribution (VD):	-0.079
Fu:	57.351% ? The fraction unbound in plasms.	OATP1B1 inhibitor:	0.917
OATP1B3 inhibitor:	0.663	BCRP inhibitor:	0.298
BSEP inhibitor:	0.871

ADMET: Metabolism

CYP1A2-inhibitor:	0.149	CYP1A2-substrate:	0.178
CYP2C19-inhibitor:	0.844	CYP2C19-substrate:	0.115
CYP2C9-inhibitor:	0.295	CYP2C9-substrate:	0.433
CYP2D6-inhibitor:	0.076	CYP2D6-substrate:	0.025
CYP3A4-inhibitor:	0.085	CYP3A4-substrate:	0.064
CYP2B6-substrate:	0.454	CYP2C8-inhibitor:	0.727
HLM stability:	0.814 ? Human liver microsomal (HLM) stability. Category 0: stable+ (HLM > 30 min); Category 1: unstable- (HLM ≤ 30 min). The output value is the probability of human liver microsomal instability, where a value closer to 1 indicates a higher likelihood of instability.

ADMET: Excretion

Clearance (CL):

11.532

Half-life (T1/2):

1.314

ADMET: Toxicity

hERG Blockers:	0.048	hERG Blockers (10um):	0.31
Human Hepatotoxicity (H-HT):	0.413	Drug-induced Liver Injury (DILI):	0.218
AMES Toxicity:	0.523	Rat Oral Acute Toxicity:	0.329
Maximum Recommended Daily Dose:	0.319	Skin Sensitization:	0.606
Carcinogencity:	0.623	Eye Corrosion:	0.765
Eye Irritation:	0.964	Respiratory Toxicity:	0.468
Drug-induced Neurotoxicity:	0.198	Ototoxicity:	0.27
Hematotoxicity:	0.327	Drug-induced Nephrotoxicity:	0.319
Genotoxicity:	0.106	RPMI-8226 Immunitoxicity:	0.041
A549 Cytotoxicity:	0.102	Hek293 Cytotoxicity:	0.144
BCF:	1.512 ? Bioconcentration factors are used for considering secondary poisoning potential and assessing risks to human health via the food chain. The unit is -log10[(mg/L)/(1000*MW)].	IGC50:	3.908 ? 48 hour Tetrahymena pyriformis IGC50. The unit of IGC50 is -log10[(mg/L)/(1000*MW)].
LC50DM:	5.456 ? 48 hour Daphnia magna LC50. The unit of LC50DM is -log10[(mg/L)/(1000*MW)].	LC50FM:	4.89 ? 96 hour fathead minnow LC50. The unit of LC50FM is -log10[(mg/L)/(1000*MW)].

Species Source

Organism ID	Organism Name	Taxonomy Level	Family	SuperKingdom	Isolation Part	Collection Location	Collection Time	Reference
NPO20440	Chrysanthemum x morifolium	Species	Asteraceae	Eukaryota	Flowers	n.a.	n.a.	DOI[10.1016/j.foodchem.2009.03.042]
NPO20553	Zingiber officinale	Species	Zingiberaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	DOI[10.1016/j.jarmap.2018.11.004]
NPO28276	Artemisia argyi	Species	Asteraceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	DOI[10.1016/j.jep.2005.01.054]
NPO28295	Foeniculum vulgare	Species	Apiaceae	Eukaryota	n.a.	leaf	n.a.	DOI[10.1016/S0031-9422(00)94055-X]
NPO22741	Curcuma kwangsiensis	Species	Zingiberaceae	Eukaryota	n.a.	rhizome	n.a.	DOI[10.1021/np100392m]
NPO20440	Chrysanthemum x morifolium	Species	Asteraceae	Eukaryota	Flowers	n.a.	n.a.	DOI[10.3136/fstr.15.499]
NPO28295	Foeniculum vulgare	Species	Apiaceae	Eukaryota	n.a.	flower	n.a.	DOI[10.3390/70200245]
NPO24758	Angelica dahurica	Species	Apiaceae	Eukaryota	n.a.	root	n.a.	DOI[10.5012/bkcs.2003.24.11.1699]
NPO20440	Chrysanthemum x morifolium	Species	Asteraceae	Eukaryota	Flowers	n.a.	n.a.	DOI[10.5897/AJB10.140]
NPO1436	Houttuynia cordata	Species	Saururaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	DOI[10.5897/AJB11.1524]
NPO20440	Chrysanthemum x morifolium	Species	Asteraceae	Eukaryota	Flowers	n.a.	n.a.	DOI[10.5897/AJB2010.000-3252]
NPO22258	Chrysanthemum indicum	Species	Asteraceae	Eukaryota	Flowers	n.a.	n.a.	DOI[10.5897/JMPR.9000078]
NPO25443	Citrus reticulata	Species	Rutaceae	Eukaryota	n.a.	fruit	n.a.	PMID[10606547]
NPO7317	Citrus aurantium	Species	Rutaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[10606602]
NPO15544	Cnidium monnieri	Species	Apiaceae	Eukaryota	n.a.	fruit	n.a.	PMID[10785419]
NPO11438	Angelica gigas	Species	Apiaceae	Eukaryota	n.a.	root	n.a.	PMID[11374978]
NPO19472	Thymus vulgaris	Species	Lamiaceae	Eukaryota	Leaves	n.a.	n.a.	PMID[12088434]
NPO22258	Chrysanthemum indicum	Species	Asteraceae	Eukaryota	n.a.	flower	n.a.	PMID[12130858]
NPO24124	Curcuma longa	Species	Zingiberaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[12350137]
NPO17333	Valeriana officinalis	Species	Caprifoliaceae	Eukaryota	roots	n.a.	n.a.	PMID[12398547]
NPO24758	Angelica dahurica	Species	Apiaceae	Eukaryota	n.a.	root	n.a.	PMID[12510838]
NPO24124	Curcuma longa	Species	Zingiberaceae	Eukaryota	rhizome	n.a.	n.a.	PMID[12617587]
NPO5033	Alpinia galanga	Species	Zingiberaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[12951092]
NPO5033	Alpinia galanga	Species	Zingiberaceae	Eukaryota	rhizomes	n.a.	n.a.	PMID[12951092]
NPO28256	Platycladus orientalis	Species	Cupressaceae	Eukaryota	Leaves and branches	Soorkesh Valley, Gollestan, Iran	n.a.	PMID[15104493]
NPO28256	Platycladus orientalis	Species	Cupressaceae	Eukaryota	leaves	Soorkesh Valley, Gollestan, Iran	n.a.	PMID[15104493]
NPO9290	Zanthoxylum piperitum	Species	Rutaceae	Eukaryota	n.a.	leaf	n.a.	PMID[15388977]
NPO21373	Vitex trifolia	Species	Lamiaceae	Eukaryota	n.a.	fruit	n.a.	PMID[15577254]
NPO21373	Vitex trifolia	Species	Lamiaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[15621610]
NPO24758	Angelica dahurica	Species	Apiaceae	Eukaryota	n.a.	root	n.a.	PMID[15646793]
NPO11438	Angelica gigas	Species	Apiaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[15679317]
NPO11169	Piper cubeba	Species	Piperaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[15679319]
NPO5033	Alpinia galanga	Species	Zingiberaceae	Eukaryota	n.a.	rhizome	n.a.	PMID[15930771]
NPO8187	Schisandra chinensis	Species	Schisandraceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[16562834]
NPO15462	Angelica sinensis	Species	Apiaceae	Eukaryota	roots	purchased from Kiu Shun Trading Ltd., Vancouver, Canada	2000	PMID[16643021]
NPO9290	Zanthoxylum piperitum	Species	Rutaceae	Eukaryota	n.a.	stem	n.a.	PMID[17202689]
NPO28260	Senna alexandrina	Species	Fabaceae	Eukaryota	n.a.	seed	n.a.	PMID[17345316]
NPO18811	Magnolia biondii	Species	Magnoliaceae	Eukaryota	n.a.	flower bud	n.a.	PMID[17628872]
NPO25094	Artemisia princeps	Species	Asteraceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[17996677]
NPO11438	Angelica gigas	Species	Apiaceae	Eukaryota	n.a.	root	n.a.	PMID[17997069]
NPO5241	Myristica fragrans	Species	Myristicaceae	Eukaryota	seeds	n.a.	n.a.	PMID[17998162]
NPO4682	Lindera aggregata	Species	Lauraceae	Eukaryota	n.a.	leaf	n.a.	PMID[17999353]
NPO17333	Valeriana officinalis	Species	Caprifoliaceae	Eukaryota	n.a.	root	n.a.	PMID[18164718]
NPO20553	Zingiber officinale	Species	Zingiberaceae	Eukaryota	rhizomes	n.a.	n.a.	PMID[18177011]
NPO16087	Atractylodes lancea	Species	Asteraceae	Eukaryota	n.a.	rhizome	n.a.	PMID[18787781]
NPO29110	Litsea cubeba	Species	Lauraceae	Eukaryota	n.a.	aerial part	n.a.	PMID[18991207]
NPO29016	Valeriana jatamansi	Species	Caprifoliaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[19245261]
NPO20553	Zingiber officinale	Species	Zingiberaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[19271742]
NPO18811	Magnolia biondii	Species	Magnoliaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[19370929]
NPO5241	Myristica fragrans	Species	Myristicaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[1955885]
NPO4682	Lindera aggregata	Species	Lauraceae	Eukaryota	Roots; Tubers	n.a.	n.a.	PMID[19639966]
NPO3478	Nelumbo nucifera	Species	Nelumbonaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[19919095]
NPO29016	Valeriana jatamansi	Species	Caprifoliaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[20151678]
NPO20553	Zingiber officinale	Species	Zingiberaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[20590154]
NPO9290	Zanthoxylum piperitum	Species	Rutaceae	Eukaryota	n.a.	pericarp	n.a.	PMID[20628994]
NPO30526	Notopterygium incisum	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	root	n.a.	PMID[20707067]
NPO30526	Notopterygium incisum	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	rhizome	n.a.	PMID[20707067]
NPO17333	Valeriana officinalis	Species	Caprifoliaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[20853876]
NPO29016	Valeriana jatamansi	Species	Caprifoliaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[20853876]
NPO22741	Curcuma kwangsiensis	Species	Zingiberaceae	Eukaryota	Rhizomes	n.a.	n.a.	PMID[20879743]
NPO5241	Myristica fragrans	Species	Myristicaceae	Eukaryota	n.a.	fruit	n.a.	PMID[20879744]
NPO29110	Litsea cubeba	Species	Lauraceae	Eukaryota	essential oil	Tibet	n.a.	PMID[20944522]
NPO16087	Atractylodes lancea	Species	Asteraceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[21302967]
NPO11100	Artemisia capillaris	Species	Asteraceae	Eukaryota	n.a.	whole plant	n.a.	PMID[21428416]
NPO25682	Acorus calamus	Species	Acoraceae	Eukaryota	n.a.	rhizome	n.a.	PMID[21563811]
NPO15544	Cnidium monnieri	Species	Apiaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[21625478]
NPO24758	Angelica dahurica	Species	Apiaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[21625478]
NPO24758	Angelica dahurica	Species	Apiaceae	Eukaryota	n.a.	root	n.a.	PMID[21657081]
NPO19472	Thymus vulgaris	Species	Lamiaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[21707257]
NPO22741	Curcuma kwangsiensis	Species	Zingiberaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[21807513]
NPO5681	Acorus gramineus	Species	Acoraceae	Eukaryota	n.a.	rhizome	n.a.	PMID[21936523]
NPO5681	Acorus gramineus	Species	Acoraceae	Eukaryota	Rhizomes	n.a.	n.a.	PMID[21936523]
NPO25197	Magnolia sprengeri	Species	Magnoliaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[22080044]
NPO8650	Perilla frutescens	Species	Lamiaceae	Eukaryota	leaves	n.a.	n.a.	PMID[22272932]
NPO18007	Agrimonia pilosa	Species	Rosaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[22281186]
NPO25682	Acorus calamus	Species	Acoraceae	Eukaryota	rhizomes	n.a.	n.a.	PMID[22671987]
NPO23548	Leonurus heterophyllus	Species	Lamiaceae	Eukaryota	Fruits	n.a.	n.a.	PMID[22703163]
NPO11100	Artemisia capillaris	Species	Asteraceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[22870812]
NPO15544	Cnidium monnieri	Species	Apiaceae	Eukaryota	fruits	n.a.	n.a.	PMID[22932311]
NPO5681	Acorus gramineus	Species	Acoraceae	Eukaryota	rhizomes	n.a.	n.a.	PMID[22951040]
NPO24124	Curcuma longa	Species	Zingiberaceae	Eukaryota	Rhizomes	n.a.	n.a.	PMID[23153397]
NPO7385	Schisandra sphenanthera	Species	Schisandraceae	Eukaryota	fruits	n.a.	n.a.	PMID[23265871]
NPO3478	Nelumbo nucifera	Species	Nelumbonaceae	Eukaryota	flower buds and leaves	Khon Kaen province, Thailand	2010	PMID[23270663]
NPO21373	Vitex trifolia	Species	Lamiaceae	Eukaryota	fruits	n.a.	n.a.	PMID[23327905]
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NPO28295	Foeniculum vulgare	Species	Apiaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[24617303]
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NPO8650	Perilla frutescens	Species	Lamiaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[25320841]
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NPO5315	Zanthoxylum bungeanum	Species	Rutaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[37029634]
NPO20154	Cedrus atlantica	Species	Pinaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[37049738]
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NPO1631	Amomum xanthioides	Species	Zingiberaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[37152127]
NPO19472	Thymus vulgaris	Species	Lamiaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[37226152]
NPO30526	Notopterygium incisum	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	PMID[37382684]
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NPO28260	Senna alexandrina	Species	Fabaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[COCONUT]
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NPO4682	Lindera aggregata	Species	Lauraceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO15462	Angelica sinensis	Species	Apiaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO25094	Artemisia princeps	Species	Asteraceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO7317	Citrus aurantium	Species	Rutaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO5033	Alpinia galanga	Species	Zingiberaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO7385	Schisandra sphenanthera	Species	Schisandraceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO19472	Thymus vulgaris	Species	Lamiaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO10492	Artemisia montana	Species	Asteraceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO2618	Curcuma wenyujin	Species	Zingiberaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO24758	Angelica dahurica	Species	Apiaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO18816	Lindera glauca	Species	Lauraceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO15315	Boswellia carterii	Species	Burseraceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO6272	Chamaecyparis pisifera	Species	Cupressaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO28260	Senna alexandrina	Species	Fabaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO16087	Atractylodes lancea	Species	Asteraceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO28276	Artemisia argyi	Species	Asteraceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO26763	Rhododendron micranthum	Species	Ericaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO22258	Chrysanthemum indicum	Species	Asteraceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO8874	Glehnia littoralis	Species	Apiaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO9290	Zanthoxylum piperitum	Species	Rutaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO29110	Litsea cubeba	Species	Lauraceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO18007	Agrimonia pilosa	Species	Rosaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO11100	Artemisia capillaris	Species	Asteraceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO11820	Amomum villosum	Species	Zingiberaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO22741	Curcuma kwangsiensis	Species	Zingiberaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO15544	Cnidium monnieri	Species	Apiaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO12182	Murraya exotica	Species	Rutaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO18068	Curcuma phaeocaulis	Species	Zingiberaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO10506	Artemisia apiacea	Species	Asteraceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO24124	Curcuma longa	Species	Zingiberaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO3478	Nelumbo nucifera	Species	Nelumbonaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO18046	Mosla chinensis	Species	Lamiaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO8187	Schisandra chinensis	Species	Schisandraceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO20154	Cedrus atlantica	Species	Pinaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO17295	Chrysanthemum zawadskii	Species	Asteraceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO21355	Elsholtzia ciliata	Species	Lamiaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO1918	Magnolia kobus	Species	Magnoliaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO10082	Citrus unshiu	Species	Rutaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO25682	Acorus calamus	Species	Acoraceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO28256	Platycladus orientalis	Species	Cupressaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO12935	Thymus quinquecostatus	Species	Lamiaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO13730	Magnolia liliiflora	Species	Magnoliaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO8698	Zanthoxylum schinifolium	Species	Rutaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO26138	Rosmarinus officinalis	Species	Lamiaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO15064	Magnolia denudata	Species	Magnoliaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO2715	Murraya paniculata	Species	Rutaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO12584	Atractylodes chinensis	Species	Asteraceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO1631	Amomum xanthioides	Species	Zingiberaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]
NPO18811	Magnolia biondii	Species	Magnoliaceae	Eukaryota	n.a.	n.a.	n.a.	Database[UNPD]

Note for Reference:
In addition to directly collecting NP source organism data from primary literature (where reference will provided as NCBI PMID or DOI links), NPASS also integrated them from below databases:
☉ UNPD: Universal Natural Products Database [PMID: 23638153].
☉ StreptomeDB: a database of streptomycetes natural products [PMID: 33051671].
☉ TM-MC: a database of medicinal materials and chemical compounds in Northeast Asian traditional medicine [PMID: 26156871].
☉ TCM@Taiwan: a Traditional Chinese Medicine database [PMID: 21253603].
☉ TCMID: a Traditional Chinese Medicine database [PMID: 29106634].
☉ TCMSP: The traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform [PMID: 24735618].
☉ HerDing: a herb recommendation system to treat diseases using genes and chemicals [PMID: 26980517].
☉ MetaboLights: a metabolomics database [PMID: 27010336].
☉ FooDB: a database of constituents, chemistry and biology of food species [www.foodb.ca].

NP Quantity Composition/Concentration

Organism ID	Organism Name	Organism Material Preparation	Organism Part	NP Quantity (Standard)	NP Quantity (Minimum)	NP Quantity (Maximum)	Quantity Unit	Reference

Note for Reference:
In addition to directly collecting NP quantitative data from primary literature (where reference will provided as NCBI PMID or DOI links), NPASS also integrated NP quantitative records for specific NP domains (e.g., NPS from foods or herbs) from domain-specific databases. These databases include:
☉ DUKE: Dr. Duke's Phytochemical and Ethnobotanical Databases.
☉ PHENOL EXPLORER: is the first comprehensive database on polyphenol content in foods [PMID: 24103452], its homepage can be accessed at here.
☉ FooDB: a database of constituents, chemistry and biology of food species [www.foodb.ca].

Biological Activity

Molecular-level activity

Target ID	Target Type	Target Name	Target Organism	Activity Type	Activity Relation	Value	Unit	Reference

In vitro activity

Target ID	Target Type	Target Name	Target Organism	Activity Type	Activity Relation	Value	Unit	Reference

In vivo activity

Target ID	Target Type	Target Name	Target Organism	Activity Type	Activity Relation	Value	Unit	Reference

Experimental ADME

Experiment Model	Experiment Tissue	ADME Type	ADME Relation	ADME Value	ADME Unit	Reference

Experimental Toxicity

Quantitative toxicity

Experiment Model	Experiment Organism	Toxicity Type	Toxicity Relation	Toxicity Value	Toxicity Unit	Reference

Common Abbreviations:
LC: Lethal Concentration; LD: Lethal Dose; LT:Lethal Time; NOAEL: No-observed-adverse-effect Level; BMDL: Benchmark Dose Lower Confidence Limit; BMD: Benchmark Dose; BMC:Benchmark Concentration; LOAEL: Lowest Observed Adverse Effect Level; RfD:Reference Dose; RfC:Reference Concentration; MRL: Minimal Risk Level; MEG: Maximum Exposure Guideline; PAC: Protective Action Criteria

Categorical toxicity labels

Hepatotoxicity	Carcinogenicity	Mutagenicity	Cardiotoxicity	Respiratory Toxicity	Eye Irritation	Endocrine Disruption

Note for Reference:
In addition to directly collecting NP quantitative data from primary literature (where reference will provided as NCBI PMID or DOI links), NPASS also integrated NP toxicity records from domain-specific databases. These databases include:
☉ ToxValDB: a curated database that compiles quantitative toxicity values for chemicals from diverse public sources to support toxicological research and risk assessment.
☉ TOXRIC: a comprehensive, free-to-access, online database providing toxicological/feature data. The toxicity labels are retrieved from this database. [PMID: 36400569]

Chemically structural similarity

Similar Active Natural Products in NPASS

Top-200 similar NPs were calculated against the active-NP-set (includes approximately 50,000 NPs with experimentally-derived bioactivity available in NPASS)

Similarity is measured using the Tanimoto coefficient (Tc) , which compares the binary fingerprints of two molecules. Tc is calculated as the intersection divided by the union of '1' bits in the fingerprints, ranging from 0 to 1, with 1 indicating highest similarity.

● The left chart: Distribution of similarity level between NPC126240 and all remaining natural products in the NPASS database.
● The right table: Most similar natural products (Tc>=0.5 or Top200).

range	Tanimoto Coefficient
0-0.1	21135
0.1-0.2	24758
0.2-0.3	3855
0.3-0.4	99
0.4-0.5	5
0.5-0.6	1
0.6-0.7	2
0.7-0.8	0
0.8-0.85	0
0.85-0.9	0
0.9-0.95	0
0.95-1	3

Similarity Score	Similarity Level	Natural Product ID
1.0	High Similarity	NPC87828
1.0	High Similarity	NPC230070
1.0	High Similarity	NPC9880
0.7857	Intermediate Similarity	NPC66145
0.6286	Remote Similarity	NPC168596
0.6286	Remote Similarity	NPC94632
0.5312	Remote Similarity	NPC83088

Similar Clinical/Approved Drugs

Similarity level is defined by Tanimoto coefficient (Tc) between two molecules.

● The left chart: Distribution of similarity level between NPC126240 and all drugs/candidates.
● The right table: Most similar clinical/approved drugs (Tc>=0.5 or Top200).

range	Tanimoto Coefficient
0-0.1	6295
0.1-0.2	2724
0.2-0.3	126
0.3-0.4	2
0.4-0.5	3
0.5-0.6	0
0.6-0.7	0
0.7-0.8	0
0.8-0.85	0
0.85-0.9	0
0.9-0.95	0
0.95-1	0

Similarity Score	Similarity Level	Drug ID	Developmental Stage
		NPD

Bioactivity similarity

Similar Natural Products in NPASS

Similarity level is defined by Bioactivity similarity was calculated based on bioactivity descriptors of compounds. The bioactivity descriptors were calculated by a recently developed AI algorithm Chemical Checker (CC) [Nature Biotechnology, 38:1087–1096, 2020; Nature Communications, 12:3932, 2021], which evaluated bioactivity similarities at five levels:
☉ A: chemistry similarity;
☉ B: biological targets similarity;
☉ C: networks similarity;
☉ D: cell-based bioactivity similarity;
☉ E: similarity based on clinical data.
Those 5 categories of CC bioactivity descriptors were calculated and then subjected to manifold projection using UMAP algorithm, to project all NPs on a 2-Dimensional space. The current NP was highlighted with a small circle in the 2-D map. Below figures: left-to-right, A-to-E.

A: chemistry similarity

B: biological targets similarity

C: networks similarity

D: cell-based bioactivity similarity

E: similarity based on clinical data